2013年5月中，商品交易所的資金未能符合證監會的要求，證監會就商交所財務涉違規問題展開調查。至5月18日，商交所通知證監會，鑑於交易所帶來的收入不足以應付營運開支，決定交回由證監會批出的自動化交易服務（ATS）供應商資格。證監會隨後亦撤回有關認可，發出正式通知，即時生效，商交所不可繼續提供自動化交易服務。商交所獲發牌至今兩年，只推出過兩款期貨合約產品，過去一年準備了一系列人民幣產品，但由於人民幣清算及銀行等技術性問題，未能推出。
商交所主席張震遠表示，商交所未能滿足證監會要求，賬目上資金不足9個月營運開支，而且產品不夠競爭力，要集資重組，但今次是暫時安排，正進行配股、重組及發展新產品，希望幾個月後再申請牌照，又稱商交所不會裁員。商交所將與指定結算公司，共同議定5月16日交易時間結束時仍未平倉合約的結算價格。
