台灣特偵組以貪汙治罪條例的侵佔公有財物罪起訴陳水扁。特偵組查出陳水扁在任內出訪11次，每次都將外交部提供的零用金留下3萬美元，滙到美國給兒子陳致中留學使用。辦案人員形容扁出訪頻繁，是食髓知味。
檢方查出，扁領取3萬美元後，吳淑珍就會派陳鎮慧到銀行滙美金，其中一次是扁領取隔天，就滙3萬美元到吳景茂帳戶，陳致中赴美留學期間，這些美金全匯到陳致中在美國的花旗銀行帳戶。
同案被起訴的還包括前國安會秘書長邱義仁、前外交部政務次長高英茂，兩人在安亞專案中詐領50萬美元旅行支票，部分旅支在海外賭場兌現。邱義仁被認定在2005年間，利用國安會秘書長職務，向外交部詐領安亞專案的外交經費50萬美元；當時高英茂從國外打電話回台，指示外交部以異常方式撥款，被認定是幫助犯。
邱義仁親筆簽領的50萬美元旅行支票，有13萬3000美元在美國拉斯維加斯賭場出現，有20萬7000美元在其他國家兌現，另有16萬美元旅支至今尚未兌現。
